L’orthographe des textes est conforme à l’édition prise pour référence, qu’il s’agisse d’une édition ancienne ou moderne : l’orthographe est modernisée quand l’édition de référence la modernise.
Quelques exceptions ont été faites concernant les éditions anciennes :

• Les distinctions u/v et i/j sont rétablies dans les langues modernes, surtout quand le choix est arbitraire chez l’auteur, variant d’une ligne à l’autre.
• En latin : pour les textes antiques, on a opéré le changement v > u et j > i, conformément aux éditions Budé.
  Pour les textes néolatins, on a respecté le parti de l’auteur : soit u partout, soit v partout, soit (le plus souvent) v à l’initiale et u à l’intérieur des mots. On a partout transformé les j en v. Majuscules : toujours V.
• Les majuscules arbitraires aux noms communs ont été supprimées, hormis pour les personnifications (Nature, Art…) et les dignités, comme « le Roi »
• L’esperluette (&) a été développée : en italien des XVIe-XVIIe siècles, elle devient e devant consonne, et et devant voyelle, selon la norme des traités de grammaire de l’époque.