Le dernier mot du livre est que la médecine expérimentale ne répond à aucune doctrine médicale ni à aucun système philosophique. […] Il faut être inébranlable sur les principes de la science expérimentale (déterminisme) et ne pas croire absolument aux théories. » Je citerai encore le passage suivant, où il annonce la fin des systèmes, « La médecine expérimentale n’est pas un système nouveau de médecine, mais, au contraire, la négation de tous les systèmes. […] On peut ne pas s’y attacher dévotement et s’en tenir aux faits, quitte à modifier le système, si les faits le veulent. Mais le système n’en existe pas moins, et il existe d’autant plus que la science est moins avancée et moins solide. […] Taine lui-même, pour s’être un peu pressé, a pu être accusé de céder au système.

Ce système étroit autant que factice ne pouvait s’imposer longtemps. […] Mais le système était bon. […] Il s’applique consciencieusement les bienfaits de ce système où la méthode est remplacée par la bonne volonté. […] Ce second système a ses inconvénients, comme toutes choses. […] Il faudra voir ce que produira ce système nouveau.

A coup sûr, il n’y a eu ni préméditation, ni méthode, mais les choses se sont passées ainsi, sans exposition préalable d’un système, sans programme établi que je sache. […] Zola de porter à la quatrième puissance le système de Millet, et pour l’ouvrier des champs et pour l’ouvrier des villes. […] A chaque manifestation progressive du système, l’auteur récoltait des bravos et des profits ; il n’y avait plus de raison pour qu’il s’arrêtât. […] Pressés d’établir sur des bases solides leur conception du monde qu’ils élucubrent, ils s’emparent, avec précipitation, des hypothèses scientifiques favorables à leur système, de quelque provenance qu’elles viennent ils les accommodent suivant la fin qu’ils se proposent, et les présentent comme revêtues d’un caractère de certitude.