En sa qualité de sceptique, il est conservateur, et d’instinct il penche vers l’aristocratie ; mais c’est un résigné ; il pardonne à la République ; il ne se révolte pas contre les lois ; « car il n’a pas espéré qu’on pût en faire de bonnes ». […] Est-ce chez lui instinct antérieur et supérieur au raisonnement ? […] Par instinct comme par éducation, M.  […] Le romancier donne à ces enfants de son imagination une morbidesse qui décèle les plus profonds instincts de leur père, et si, par hasard, il esquisse au passage un homme robuste et sain, à la solide carrure, au caractère fermement équilibré, il semble qu’il ait tantôt une nuance de mépris, tantôt une sorte de jalousie inavouée à l’égard de ce bel animal trop bien portant. […] Autour de lui se groupaient ceux qui avaient mêmes instincts, même idéal, et aussi ces flaireurs de vent qui, faute d’originalité, vont à tout ce qui réussit, disciples de M. 

Le péché n’est ni une faiblesse de l’intelligence, ni un instinct de la chair, mais un mal de la volonté. […] Dès lors, Brunetière et sa suite mettent tout sur le compte de la mystification, alors que pour Baudelaire c’est précisément cet instinct de la mystification qui se ramène à une figure du péché. […] Mais il nous suffit qu’il s’agisse de femmes « fortes et volontaires », de qui le cœur est sans doute riche de despotisme brûlant, et qui, ayant repéré en Amiel un faible à dominer, ont marqué, par l’effet d’un sûr instinct, sur sa nature fuyante la place par où tenter la prise la plus solide. […] La société ne détruit pas cet instinct ; elle lui donne bonne conscience en l’élevant au collectif. […] Telles phrases du Journal noua représentent à peu près ce qu’a dû dire l’âme d’Amiel à ce moment délicat : « Mon âme balance entre deux, quatre, six conceptions générales et antinomiques, parce qu’elle obéit à tous les grands instincts de la nature humaine, et qu’elle aspire à l’absolu, irréalisable autrement que par la succession des contraires.