Cette cause prochaine, comme il la nomme, n’est rien autre chose que la condition physique et matérielle de l’existence ou de la manifestation des phénomènes… Les corps vivants… sont tour à tour ramenés et réduits au mécanisme général de la matière. »‌ Nous pouvons saisir par ces quelques phrases du savant, éclairées par le commentaire de l’homme de lettres, la pensée même de Claude Bernard. […] Il en pénètre les forces latentes et les fauves énergies, aliment et sève de la vie générale. […] Ce fait de la plus grave importance, c’est que la conception première et foncière du naturalisme, c’est-à-dire le matérialisme pur, se transformait graduellement, qu’une évolution profonde, scientifique et philosophique, élargissait la conception générale de l’être et du monde.‌ […] Ce postulat me paraît donc en contradiction formelle avec la théorie générale, et le romancier ne l’a emprunté au physiologiste que parce qu’il sentait, de par sa propre intuition, l’insuffisance de sa méthode appliquée à l’art, et qu’il lui fallait trouver un débouché au génie individuel, moins facilement analysable que les nerfs et le sang. […] III A qui nous reprocherait de n’envisager ici que la pensée générale de Zola, en laissant de côté son œuvre d’écrivain et d’artiste, nous pourrions répondre par une phrase du romancier lui-même : « Au fond des querelles littéraires, il y a toujours une question philosophique ».

L’état de grossièreté où reste, chez nous, par suite de notre vie isolée et tout individuelle, celui qui n’a pas été aux écoles est inconnu dans ces sociétés, où la culture morale et surtout l’esprit général du temps se transmettent par le contact perpétuel des hommes. […] Qu’il n’eût aucune connaissance de l’état général du monde, c’est ce qui résulte de chaque trait de ses discours les plus authentiques. […] Près d’un siècle avant lui, Lucrèce avait exprimé d’une façon admirable l’inflexibilité du régime général de la nature.