Et encore, faisant pressentir les effets désastreux d’une condamnation par vengeance : « Voilà, disait-il, comment naîtront la pitié, le regret, la terreur, les accusations contre la Convention nationale, et tous les éléments de trouble, de haine et de discorde, dont les aristocrates, les royalistes, les anarchistes, les intrigants et les ambitieux, et tous vos ennemis intérieurs, et tous les tyrans étrangers, vont s’emparer de toutes parts avec la plus meurtrière émulation. » On trouvera peut-être que je fais là de la rhétorique en bien grave matière, et que je relève et souligne des mots dans la situation où ils échappaient le moins littérairement ; mais Daunou pesait tous les siens aussi soigneusement à la Convention, lorsqu’il réclamait justice pour Louis XVI, que lorsque, devant l’Académie de Nîmes, il célébrait l’influence de Boileau. […] « Ne pouvant plus prétendre à d’autres fonctions publiques, puisque celles dont je ne suis point incapable dépendraient plus ou moins du ministère de l’intérieur ; ayant essuyé, depuis trois ans, des pertes considérables ; réduit à de faibles ressources ; exposé à perdre, au premier jour, celles qui me restent à l’Institut, je dois pour ma propre conservation, pour celle d’une sœur âgée et de quelques autres personnes dont je prends soin, solliciter une pension de retraite. […] Je l’ai adressée au Ministre de l’Intérieur, et parmi les moyens d’en assurer le succès, je mets au premier rang, Monsieur le comte, vos bons offices auprès de Son Excellence, qui va décider sous très-peu de jours, peut-être dès aujourd’hui, de mon sort. […] Qui leur enseignera mieux que lui à se prémunir contre toute domination étrangère par l’énergie de l’administration intérieure ?