Sa conduite durant la Convention et sous le Directoire fait, seule, exception par des actes plus en dehors et constitue sa vraie jeunesse : « Et encore je crois pour mon compte, dit quelqu’un qui l’a beaucoup étudié (M. […] Daunou inaugura, dès les premiers jours sa vie publique, par le plus bel acte qui l’honore, par son opinion et son vote dans le procès de Louis XVI. […] Ce livre est un acte. […] C’est cette disposition de son tempérament qui rend précisément si méritoires ses actes de courage moral dans le passé. […] I, p. 247, 249, 252, 255 ; la présentation de Daunou pour le Sénat fut considérée comme un acte d’hostilité déclarée contre Bonaparte.